La verdad es que no conozco la E10, no tengo ese modelo, pero algo puedo decirte que tenga algo más de relación con tu pregunta, que las respuestas que has tenido hasta ahora.
Que el interruptor de fin de carrera esté más bajo que la cama no es, en sí mismo, ningún problema.
Por lo que veo en las fotos de la E10, dicho interruptor lo acciona el soporte izquierdo con su parte inferior y seguramente, quedará más bajo que la cama cuando el eje Z esté en 0.
Normalmente, el soporte donde va el interruptor de fin de carrera suele permitir un ajuste de la altura del mismo (supongo que igual en la E10), aunque no lo veo bien en ninguna de las fotos. Comprueba que no lo tienes a tope hacia abajo y en caso contrario, ponlo más arriba.
Si no es eso, entonces por las fotos que pones y comparándolas con las de la publicidad de la impresora, yo diría que el barrel (el tubito que rosca en el cubo calentador) está demasiado fuera del soporte del extrusor (se ve mucha rosca).
Para comprobarlo, monta el ventilador de capa y su boquilla y mira si esta queda mas o menos orientada a la salida de la boquilla del extrusor. Si queda muy por encima es que tiene que subir la boquilla del extrusor, supongo que roscando más el barrel en su soporte. Y no te fíes de que la impresora venga casi montada. Por lo que he visto en Youtube, tráe varias cosas mal.
No deberías de tener necesidad de hacer apaños por tu cuenta para que funcione correctamente. Revisa mejor que esté todo montado como debe, pues el diseño es de suponer que esté bien.
Y respecto a tu última pregunta, no se que quieres decir con que "... por software se ajustan los topes en el calibrado.". Con el calibrado lo que se ajusta (y no es por software, sino manualmente), es la distancia de la boquilla del extrusor a la cama antes de comenzar la impresión.
Para que la impresora funcione correctamente, el firmware (es el software interno que controla la máquina) tiene que tener una referencia desde donde medir todas las distancias y que dicha referencia permanezca constante.
Para eso están los interruptores de fin de carrera, para indicar donde está el punto 0 de cada eje, a partir del cual se contarán todas las medidas. Así que olvida la idea de quitarlos
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