Has probado si te pasa con otros programas? En Slic3r o Cura por ejemplo.
Si es verdad, lo que dice @
gale901001 que puede ser un bug del Simplify3D. A mi los acabados de las últimas capas, sobre todo cuando son superficies grandes no me las hace tan bien como Slic3r.
No he tenido ese acabado en las capas como tienes tu, pero si que se notaba que no eran del todo perfectas.
Lo que yo siempre he observado es que las dos primeras capas después del infill te las hace perfectas, después ya comienzan a desvariar .... siempre lo ví como cosa del Simplify3D.
También te comento que hace unas semanas me cambié el extrusor por un Titan de e3D y cambié el driver del extrusor por un A4988 (antes tenía un DRV8825), he configurado los pasos del extrusor por el valor que recomiendan en la wiki de e3D y he notado muchísima mejoría, para mi gusto aún no queda tan bien como Slic3r, pero las líneas se pegan y se queda todo uniforme.
Teniendo en cuenta que el multiplicador de extrusión y el extrusion width, prueba usar los valores por defecto que vienen, pueden mejorar ese acabado superior.
Saludos.