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Macuho, en este caso no se trata del resultado en la pieza impresa, sino de las medidas en el software y en este la precisión se configura, por lo que no sé muy bien a que te refieres con que esos programas tienen un error de una décima.
Hay programas de diseño en los que se configura directamente el número de lados para arcos/circunferencias y otros en los que se trabaja de forma interna con la forma ideal y es en el proceso de exportación cuando se transforman esas figuras a polígonos: creo que FreeCAD es de estos últimos, por lo que supongo que será algo a configurar en el proceso de exportación.
No utilizo esa aplicación, aunque la tengo instalada y sin haber cambiado nada de la configuración por defecto, en la visualización en pantalla una circunferencia aparece con 26 lados, pero al exportar un cilindro a STL con la opción del menú Archivo>Exportar, las bases tienen 60 lados: quizá en tu caso tengas otra configuración o estés realizando la exportación de otra forma.
Dado que las medidas que indica CURA son tomadas en la dirección de los ejes y como estamos hablando de prismas y no de cilíndros, además del número de lados que tengan, también influye en aquellas cómo esté orientada la pieza respecto a los ejes X e Y al realizar la exportación.
Puedes comprobar si esta es la causa de esa diferencia de medidas, rotando ligeramente el cilindro en el eje Z antes de exportarlo y comprobando si cambian las medidas en CURA.