Aunque te ocurra en el eje Y la desviación, esta puede ser causada por otro eje, por ejemplo el Z. Si vas subiendo y las varillas o el carro no estan perfectamente alineados entre eje Y y Z, puede ocurrirte un desplazamiento que te tuerza la impresión hacia un sentido.
A mi me ha ocurrido, y me volví loco para averiguar por que me salían las piezas algo torcidas en la dirección de Y, creía que era un tema de perdida de pasos en Y ya que se me desplazaba siempre en el sentido de ese eje, y al final era la alineación de las varillas lisas entre la parte de abajo del Z y la de encima (Me torcía la impresión en sentido ascendente hacia el eje Y ya que al subir, se me desplazaba el carro casi 1 mm)
Te recomiendo que con un calibre compruebes la distancia de tus varillas lisas de Z hacia el marco, tanto su limite superior como inferior, deberian estar prácticamente idénticas, si no es así, tendrás desplazamiento en Y conforme subas.
A esto me refiero, no encontre ninguna imagen de perfil de una impresora por google salvo esta, debes medir la distancia entre varilla lisa y marco y que sean iguales arriba y abajo:
Como ultima opción, puede que tengas las varillas del eje Z (Si es que usas varillas y no husillos) torcidas o abombadas, y cuando llegas a X zona, que te fuerce el desplazamiento del extrusor hacia algún lado y te fastidie la impresión. Si usas varillas... yo que tu se las cambiaba por unas nuevas (de inox, no metas hierro) o las quitaba y veía si ruedan bien sobre una superficie plana, una varilla roscada de 5mm o 8mm no te vale ni un euro.