Hola, en general una imagen vale más que mil palabras, pero en este caso una explicación no vendría mal, pues en el primer problema no se aprecia bien cual es: al comenzar el homing, la boquilla parece que reposa sobre el cristal y que el eje Z cae al salir de la cama, chocando al volver a entrar en ella, ¿es así?.
En todo caso, no entiendo por qué ajustas la sensibilidad del sensor de esa forma. Si cuando lo haces está la boquilla a la altura correspondiente al 0 del eje Z (eso parece), al realizar la detección en movimiento no se activará en el punto correcto, pues no ajustas exactamente en el punto en que se enciende el led, siempre habrá un margen de error.
Lo que tienes que hacer es ajustarlo estando la boquilla unos milímetros por encima de la cama (los que te permita el sensor) y después configurar el Z Probe Offset que corresponda.
Por otro lado, es conveniente que antes de hacer el home, el eje Z suba un poco y en tu caso no lo hace, supongo que porque no estará configurado en el firmware: si tienes uno grabado por ti, se configura habilitando el parámetro Z_HOMING_HEIGHT que se encuentra en el archivo Configuration.h. Por defecto su valor suele ser 4 mm.
Naturalmente, lo primero que tienes que hacer es comprobar que el sensor esté funcionando bien como final de carrera y detenga el movimiento del eje al activarse durante el homing.
Respecto al segundo problema, ese ruido es el motor del eje Z perdiendo pasos y la causa puede ser que dicho eje no deslice con la suficiente suavidad o que el movimiento manual del eje Z tenga configurada una velocidad excesiva (el husillo del eje Z no permite velocidades tan altas como las correas de los ejes X e Y).