Hola, este tema de los agujeros circulares, transversales al eje Z, ya se ha comentado en varios post.
Debido a la tecnología de impresión FDM, es imposible conseguir la forma casi perfecta de los que se realizan en el plano de impresión (XY).
El problema viene de que estos no se realizan con formas circulares, sino que el programa de corte los delimita posicionando los perímetros de las paredes interiores del agujero de forma que se adapten lo mejor posible al mismo. Por ejemplo:
La precisión de este ajuste depende de varios factores: calibración de los ejes (todos), altura de capa, tamaño del agujero, ajuste entre los dos anteriores y la altura a que se encuentra en la pieza, fluidez del material (temperatura), rapidez de solidificación (ventilador de capa).
El primero es claro y es el que más influye: si los ejes no están bien calibrados, el avance vertical no se corresponderá con el horizontal, deformando la circunferencia teórica.
La altura de capa influye en la cantidad de segmentos con los que se definirá esa circunferencia. Con capas más grandes, será más irregular.
El tamaño influye en cuánto se descuelgan las capas que cierran por arriba el agujero, lo que puede hacer necesarios los soportes para tamaños grandes.
La relación entre la altura de capa, el tamaño del agujero y su posición respecto de la base de la pieza, influyen también en la forma ya que el programa de corte sólo realiza capas completas, se ajusten o no a la altura requerida, por lo que el agujero puede empezar y terminar con una capa de menos o de más.
La fluidez del material fundido y la rapidez con que se solidifique influye también en cuánto se descuelgan las capas superiores del agujero y en el ajuste del agujero a la forma teórica.
Es decir, no sólo hay que tener perfectamente calibrada la impresora, sino que también hay que configurar correctamente el programa de corte y, si es posible, diseñar la pieza pensando en esto.
No sé que altura de capa estás utilizando, pero los agujeros que pones en estas últimas fotos no me parecen tan malos.
Un pequeño achatamiento en el comienzo y final de la circunferencia es inevitable, pues simplemente no caben más capas y la última cierra en línea recta.