A mi me ocurre algo raro, con bastantes problemas al final he podido regular bien el eje Z, pero el Homing no hay huevos de hacerlo funcionar bien, ambos motores hacen ruido pero no se mueven... (pero al mover manualmente va bien), alguien sabe qué puedo hacer?
Creo que es por el tema de las aceleraciones en el eje Z, a mi me pasaba hasta que me puse a investigar. Para varillas M5 que es la que usa nuestra impresora en el eje Z tienes que cambiar esta línea, bueno pon estas 5 (estan en el marlin, en la pestaña configuration.h):
#define DEFAULT_AXIS_STEPS_PER_UNIT {80,80,4000,775} // default steps per unit for ultimaker
#define DEFAULT_MAX_FEEDRATE {400, 400, 1, 45} // (mm/sec)
#define DEFAULT_MAX_ACCELERATION {5000,5000,10,5000} // X, Y, Z, E maximum start speed for accelerated moves. E default values are good for skeinforge 40+, for older versions raise them a lot.
#define DEFAULT_ACCELERATION 1000 // X, Y, Z and E max acceleration in mm/s^2 for printing moves
#define DEFAULT_RETRACT_ACCELERATION 2000 // X, Y, Z and E max acceleration in mm/s^2 for r retracts
fijate en el valor en negrita, a mi me pasaba por tener ese valor mal.