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Leonardo1989, bienvenido al foro.
La placa GT2560 Rev A+ lleva cuatro conectores de ventilador: uno rotulado como PWM_FAN, que es donde se debe conectar el ventilador de capa y otros tres, rotulados como FAN1, FAN2 y FAN3, que tienen corriente directa y por lo tanto, los ventiladores que se conecten en ellos funcionarán siempre que esté encendida la fuente de alimentación.
El ventilador de capa solo funciona por mandato expreso, mediante los comandos gcode M106 y M107: si no enciende enviando el comando M106 (mediante la pantalla o conectando al ordenador por USB), tendrás que comprobar que no esté mal el ventilador o cortado alguno de sus cables.
Si el ventilador del extrusor está conectado a uno de los otros tres conectores, es normal que funcione continuamente, pues siempre tienen alimentación: para evitarlo y siempre que no estés utilizando el conector del BL-Touch, puedes controlar con él un relé que alimente ese ventilador y configurar Marlin para que lo active cuando el hotend sobrepase una temperatura determinada (por defecto 50 ºC).
La conexión sería así:
y en Marlin habría que modificar la siguiente línea en el archivo
Configuration_adv.h :
#define E0_AUTO_FAN_PIN 11
El valor de la temperatura a la que comienza a funcionar, se configura en el parámetro
EXTRUDER_AUTO_FAN_TEMPERATURE.